Актуальность разработки систем, основанных на знаниях, используемых для поддержки инновационных процессов создания продуктов и услуг, связана с объективной необходимостью сокращения жизненного цикла продукции под воздействием применения современных цифровых технологий в рамках развивающихся сетевых предприятий. Известные результаты исследований в области модельно-ориентированного проектирования продуктов, процессов, систем и предприятий в полной мере не обеспечивают семантическую интероперабельность при взаимодействии участников инновационного процесса. Целью работы является построение архитектуры системы, основанной на знаниях, реализующей семантическую интероперабельность участников сетевого предприятия на различных этапах жизненного цикла продукции. Работа опирается на применение модельно-ориентированного подхода к построению цифрового потока (нити) на всех этапах жизненного цикла продукции, онтологического подхода к семантическому моделированию распределенной базы знаний и многоагентного подхода к организации взаимодействия заинтересованных участников инновационного процесса. В работе предложена функциональная архитектура системы, основанной на знаниях, включающая модули планирования инновационного процесса, формирования ценностных характеристик продукции и функциональных требований, проектирования конструкции продукта и цепочки создания ценности. Также разработана многоуровневая система онтологий инновационного процесса и описано ее применение в работе функциональных модулей, осуществляющих доступ к сопряженным базам знаний. Разработка систем, основанных на знаниях, на основе полученных результатов позволит находить наилучшие проектные решения по конфигурации продукции и соответствующих цепочек создания ценности вследствие возможной итерационности инновационного процесса и повышения семантической интероперабельности участников сетевого предприятия.